在 ChemDraw 里面怎么设置键角大小,以及键角改完之后结构又该怎么去校正,这两个问题是需要连着一起处理的;很多人在画结构式的时候,发现键角不顺、环状结构歪歪扭扭,或者链状结构被拉得太开,于是就直接去拖动单个原子来调整,结果反而越改越乱,实际上,ChemDraw 中的键角主要是由固定角度、链角和文档设置这几项来决定的,我们把结构修改完以后,还要用清理结构和检查结构的功能,对外观做一次校正,再对化学内容做一次检查;软件的官方说明也提到过,在绘制结构的时候,它会使用固定的键长和键角,而这些数值是由文档的类型和文档设置来决定的。
ChemDraw里页面尺寸能不能改,和图形会不会被裁切,其实是两件事。官方帮助说明,页面大小和方向属于【Print/Page Setup】这一组文档设置,可以在当前文档里修改;如果你想让新建文档也沿用这套页面设置,还可以把它保存成Style Sheet。另一方面,官方也明确提到,ChemDraw的页面大小会受打印机驱动影响,某些导出链路,尤其是嵌入到Word以后再转PDF,也可能出现结构被cut off的情况。也就是说,页面改完后图形被裁切,未必是页面没改成功,更常见的是页面、打印机和导出路径没有对齐。
在ChemDraw里做化合物命名,最容易踩坑的往往不是菜单找不到,而是结构没有先选完整、命名功能当前版本并不支持,或者后面把生成的名字直接当成唯一标准答案。Revvity Signals当前公开资料说明,Name-to-Structure与Structure-to-Name属于ChemDraw Professional这类带化学智能能力的版本;同时官方也明确表示,ChemDraw生成的名称通常会与至少一套IUPAC建议保持一致,但它并不是固定只遵循单一命名体系。也就是说,命名功能可以直接用,但生成结果仍然需要结合结构、立体信息和实际命名场景再复核。
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在分子动力学的研究过程中有多种计算方法,比较常见的是从头算方法和半经验方法,本文将结合Chem3D软件使用AM1方法研究正丁烷的结构稳定性。
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