ChemDraw名称转结构怎么操作 ChemDraw名称转结构失败通常是什么原因

ChemDraw的名称转结构功能应当怎样操作，以及转换失败通常是由哪些原因造成的，这两个问题，主要取决于当前使用的版本是否支持Name to Structure这项功能，也取决于所输入的化合物名称，能否被软件顺利地识别。ChemDraw Professional这个版本，提供了名称转结构，以及结构转名称的能力，比较适合将那些书写规范的化学名称，快速地转换成结构图。但它并不是一个能够识别所有输入的工具，在遇到命名不够规范、结构类型过于复杂，或者软件版本与功能组件受到限制的时候，转换失败也是一件比较常见的事情。

一、ChemDraw名称转结构怎么操作

名称转结构的基本思路，是先输入化合物的名称，再让ChemDraw去自动解析，并生成它所对应的结构。这个操作本身并不复杂，复杂的地方在于，所输入的名称是不是足够规范，以及结构生成出来以后，还需不需要再用人工去核对一遍。

1、从菜单中进入转换功能

可以通过【Structure】菜单下面的【Convert Name to Structure】，进入名称转结构的窗口。

也可以在结构工具栏当中，直接选择Name to Structure这个工具。ChemDraw的用户指南里面曾经提到，通过Structure菜单里的Convert Name to Structure，或者结构工具栏里的Name to Structure工具，都能够输入名称，并把它转换成结构。输入名称以后点击确认，软件就会在画布当中，生成相对应的结构。生成出来的结构，最好不要马上就用在报告或者论文里面，而是应当再去检查一下环的体系、取代基、手性中心，还有电荷的状态，看一看它们是不是都和原始的名称相互符合。

2、优先使用规范的英文名称

名称转结构这项功能，更加适合去处理那些书写规范的英文化学名称，比如常见的IUPAC名称，一部分通用的名称，或者是软件能够识别出来的命名片段。中文的名称、被缩写过的名称、商品的名称，以及实验室内部自行使用的代号，这些通常都是不适合直接输入进去的。比如输入“aspirin”这一类比较常见的名称，软件是更加容易去识别的；要是输入的是内部编号、供应商使用的缩写，或者是不够完整的名称，结构就有可能生成不出来。遇到转换失败的时候，可以先把名称，换成一个更加标准的英文名称，然后再重新去进行转换。

3、转换之后要对结构进行校验

通过名称转结构所生成的图形，仅仅是完成了第一个步骤。使用者还需要接着去检查键型、官能团所在的位置、立体化学，还有盐型，这些信息是不是都正确的。特别是那些含有手性中心、异构体，以及复杂环系的化合物，在名称上面，只要稍微有一些差异，生成出来的结构结果，就很可能是不同的。一种比较稳妥的做法，是再使用已知的CAS号、文献当中的结构，或者供应商所提供的结构，去重新核对一遍。

二、ChemDraw名称转结构失败通常是什么原因

名称转结构操作失败，不一定就是软件本身发生了故障。在很多情况下，是名称本身就不适合被拿来解析，又或者是当前ChemDraw的版本、所安装的组件、网络的连接情况，存在着一些问题。

1、名称不规范，或者其中的片段无法被识别

Name to Structure这个功能，能够处理相当多的命名规则，但如果名称当中，出现了软件无法识别的片段，转换就有可能会失败。在Revvity所提供的支持说明里面也曾提到，NameStruct可能并不是不能理解那些命名的原则，而是碰到了某一个具体的名称片段，它没有办法去识别。比如说，名称里面存在着拼写上的错误、括号的层级比较混乱、取代基的名称写得不完整，又或者是盐型的书写方式不够清楚，这些都会对解析造成影响。这个时候，就应当先去检查一下拼写，再把那些过长的名称拆分开来，确认每一个取代基和母体的结构，是不是都已经被写清楚了。

2、结构的类型超出了工具所能处理的范围

有某一些结构，本来就不太适合使用名称去直接生成。在Revvity的Name to Structure文档当中也做了说明，像是生物大分子、高度桥环的体系、富勒烯类的结构，还有聚合物等等，都很难生成出清晰的结构，NameStruct很有可能会拒绝生成。所以，如果所输入的是蛋白、多肽、比较复杂的聚合物、材料结构，或者是特殊的大环体系，转换失败了，也并不让人感到意外。这一类的对象，会更加适合用手工去画图，导入结构文件，又或者是去使用专门的生物大分子与材料建模工具来进行处理。

3、功能的版本，或者插件的环境不正确

如果在菜单里面，没有找到Convert Name to Structure这一项，或者是这个功能显示为灰色的，那就需要去检查一下版本的授权状态、安装的路径，还有ChemDraw Items文件夹的配置情况。在Revvity的支持页面里面也提到过，Structure to Name这个功能如果显示为灰色，或者根本没有显示出来，可以去检查一下Preferences里面，Open and Save选项下的ChemDraw Items folder路径。那些跟名称转结构相关的组件，如果出现了缺失，这项功能，也就有可能没有办法被正常地使用。

三、名称转结构失败后怎么处理更稳

在转换失败以后，不建议使用者反复地去输入同一个名称。一种比较有效的做法，是先把名称改换一下，再换一个结构来源，到了最后，再去考虑是用手工画图，还是从结构的数据库里面去导入。

1、先把名称改换成标准的表达方式

如果最开始所输入的是俗称、缩写，或者是中文的名称，可以先去查找一下，跟它相对应的英文标准名称。对于一些比较常见的小分子来说，IUPAC的名称、SMILES表达式，或者是供应商所提供的结构信息，通常都是要更加稳定一些的。名称越是模糊不清，软件就越是难以去判断出真实的结构。

2、结构比较复杂的，可以改用导入的方式

对于那些结构比较复杂的化合物，可以优先从一些可信的数据来源那里，去获取mol、sdf、cdx，或者是SMILES文件，然后再把它们导入到ChemDraw里面去进行编辑。这样做，比起强行让名称去做解析，是要更加可靠的。尤其是那些涉及到了盐型、水合物，还有立体异构体的化合物，结构文件通常都要比单纯的文字名称，更加清楚一些。

3、进行批量转换的时候，要注意版本方面的限制

如果需要一次性转换很多个名称，那就需要事先确认清楚，当前的软件，是不是支持批量处理这一种方式。在Revvity的支持说明里面也讲到过，ChemDraw的Name to Structure批量选项，在版本13之后，就已经被移除了；如果需要对多个名称进行一次性的处理，可以去使用ChemDraw for Excel里面的转换能力，不过这项功能，只随着ChemDraw Professional和ChemOffice Professional这两款软件，一同提供。

总结

ChemDraw名称转结构怎么操作，以及ChemDraw名称转结构失败通常是什么原因，这里面的关键之处，是先要确认好功能的入口，还有版本是不是能够支持，然后再去输入书写规范的英文化学名称，来进行转换。在操作失败的时候，不要仅仅去怀疑是不是软件出了问题，而是应当先去检查名称的拼写、命名的规范程度、结构的类型，还有组件的配置情况。对于那些结构比较复杂的大分子、聚合物、高度桥环体系，又或者是名称的来源不够清楚的化合物，直接去导入结构文件，或者用手工进行绘制，往往要比一遍又一遍地尝试名称转换，来得更加可靠。