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ChemDraw模板库的调用方法，和模板库里找不到常用基团时的处理办法，很多人是在画多环结构、糖环、氨基酸、保护基或者一些常见片段的时候，才会碰到这类问题。模板库这个东西，并不是只能用来存放整套大结构的，它也可以被当成一个常用片段的存储库来使用，用得好，能少画很多重复的结构；用得不好，就会变成到处翻找模板、找不到又回头手动去画，反而耗掉了更多的时间。ChemDraw这个软件本身，就支持通过模板工具去调用模板文件，常用的基团，也是可以通过昵称、标签，或者是自己去建立模板，来作为补充的。
ChemDraw立体化学标记的设置方法，还有显示楔形键时碰到不正常的情况该怎么处理，是在绘制手性化合物、反应路线和论文结构式的时候，很容易遇到的一类问题。立体化学标记并不是仅仅把键画成粗的三角或者虚线就完成了，它需要与手性中心、取代基的朝向，以及结构清理以后得到的结果，相互协调起来。楔形键的方向一旦出了错，轻则整张图看起来比较别扭，重则可能让读者把构型给理解错了，尤其是在涉及R/S构型、异构体之间的对比，还有合成路线的时候，更要小心地去处理。
ChemDraw分子量的计算，和软件给出的结果跟手算对不上时的处理，多数情况下并不是软件本身算错，而是结构、氢原子数目、盐的形式、同位素、平均分子量和精确质量这几样没有统一起来。ChemDraw可以显示分子式、Exact Mass、Molecular Weight、m/e和元素分析这些信息；其中Molecular Weight与Exact Mass所用的计算口径本来就不一样，前者更接近平均原子量的算法，后者则按照常见同位素的质量来计算。
ChemDraw里反应箭头的绘制方法，和箭头对不齐画面中心时的处理办法，是很多人在画反应式时经常碰到的问题。反应箭头看上去只是一条线，但它的位置会直接影响反应物、产物、试剂条件和整个版面的清晰程度。在ChemDraw中，反应条件通常需要放在箭头左右边界范围之内，箭头本身也不应该和旁边的结构、文字挤在一起，否则到了后期整理版面，或者把图复制到Word、PPT里面的时候，就很容易出现偏移和对不齐的情况。
ChemDraw的名称转结构功能应当怎样操作，以及转换失败通常是由哪些原因造成的，这两个问题，主要取决于当前使用的版本是否支持Name to Structure这项功能，也取决于所输入的化合物名称，能否被软件顺利地识别。ChemDraw Professional这个版本，提供了名称转结构，以及结构转名称的能力，比较适合将那些书写规范的化学名称，快速地转换成结构图。但它并不是一个能够识别所有输入的工具，在遇到命名不够规范、结构类型过于复杂，或者软件版本与功能组件受到限制的时候，转换失败也是一件比较常见的事情。
ChemDraw的结构清理该怎么用，以及清理过后键长变得不一样了又该怎样去处理，很多人在画完分子之后，才会留意到这些问题，像是环的结构不够规整，取代基也有些歪斜，又或者把两个结构放在同一张图里面，键长却对不上。ChemDraw这个软件，它自己提供了一个结构清理的功能，可以利用它去规整结构的外形，让键长、键角和整个排版，都能够更接近文档设置里面所要求的那些绘图标准，这个功能很适合拿来整理一般的结构式、反应式里面的单个分子，也适合在投稿之前、制作课件或者整合报告图表之前，用来做一次统一的查看。
论文结构图整理到后期，字体常常会变得不一致，原因是有些文字从旧文件中带来，有些结构复制自其他文档，还有一些原子符号沿用了不同的样式。要弄清楚在ChemDraw中怎么批量替换字体，以及字体替换后怎么让排版恢复原样，就需要把普通的说明文字和原子标签区分开，这两类对象虽然都能设置字体，但它们对应的调整入口并不相同，混在一起修改的话很容易出现遗漏。
在 ChemDraw 里面怎么设置键角大小，以及键角改完之后结构又该怎么去校正，这两个问题是需要连着一起处理的；很多人在画结构式的时候，发现键角不顺、环状结构歪歪扭扭，或者链状结构被拉得太开，于是就直接去拖动单个原子来调整，结果反而越改越乱，实际上，ChemDraw 中的键角主要是由固定角度、链角和文档设置这几项来决定的，我们把结构修改完以后，还要用清理结构和检查结构的功能，对外观做一次校正，再对化学内容做一次检查；软件的官方说明也提到过，在绘制结构的时候，它会使用固定的键长和键角，而这些数值是由文档的类型和文档设置来决定的。
在排论文配图、整理反应式、截取化合物库图片，还有写实验报告的时候，常会碰到 ChemDraw 里怎么统一多个结构间距，以及结构间距不一致了该怎么调整这类问题，几个结构分开画的时候看着都还行，可放到同一页里以后，就会发现有的挨得太近，有的又隔得老远，甚至上下边缘也对不齐，在 ChemDraw 里处理这种问题，不能只靠用鼠标一点一点地拖，比较稳当的办法是，我们先把各个结构的大小和方向统一一下，然后再借助对齐、分布、网格和页面参考线，把间距整理清楚，这样一来，后面复制到文档里或者导出成图片的时候，版面才不容易散掉。
ChemDraw怎么旋转分子结构，ChemDraw结构旋转角度怎么控制，这个问题在画反应式、整理论文配图、排版结构式时经常会遇到。分子结构本身画得没有问题，但是放到页面里以后，可能方向不顺、和箭头不齐、和旁边结构的重心不一致，直接拖动又容易把键长、键角和文字位置弄乱。ChemDraw支持通过旋转手柄拖动结构，也可以通过【Object】→【Rotate】输入指定角度旋转；需要连同原子标签一起旋转时，还可以勾选【Rotate Atom Labels】。
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